データベース・ツール

各継続課題とその進捗について

データベース

デグー3次元脳アトラス
デグー3次元脳アトラス
<概要>

新規モデル齧歯類デグー(Octodon degu) は、音声コミュニケーションなどの複雑な社会行動や訓練による道具使用行動など、齧歯類では非常に珍しい脳高次機能を有する。このデグーの組織画像とMRI画像を組み合わせたデジタル3次元脳アトラスを世界に先駆けて作製した。脳アトラスの論文発表後、本データベース上で公開・運用を行っている。

<問い合わせ先>

象徴概念発達研究チーム (担当・入來 iriki(at)brain.riken.jp)

<URL>

http://brainatlas.brain.riken.jp/degu/modules/xoonips/listitem.php?index_id=24

マーモセット3次元脳アトラス
マーモセット3次元脳アトラス
<概要>

コモン・マーモセット(Callithirix jacchus)は、トランスジェニック系統を有する新規霊長類モデルであり、その独特な生物学的特徴から様々な領域のヒト疾患モデル動物として注目されている。本課題は、組織画像とMRI画像を組み合わせたマーモセットのデジタル3次元標準脳アトラスを世界に先駆けて作製した。

<問い合わせ先>

象徴概念発達研究チーム (担当・入來 iriki(at)brain.riken.jp)

<URL>

http://brainatlas.brain.riken.jp/marmoset/modules/xoonips/listitem.php?index_id=66   <NEW>

マーモセット標準脳
マーモセット標準脳
<概要>

コモン・マーモセット(Callithirix jacchus)は、新世界ザルの一種であり、神経科学研究で幅広く使われている。ボクセルワイズ解析に重要である組織区分と集団平均化したマーモセットの標準脳を世界に先駆けて作製した。

<問い合わせ先>

象徴概念発達研究チーム (担当・入來 iriki(at)brain.riken.jp)

<URL>

http://brainatlas.brain.riken.jp/marmoset/modules/xoonips/listitem.php?index_id=71

ニホンザル標準脳
ニホンザル標準脳
<概要>

ニホンザル(Macaca fuscata)は、脳高次機能研究など神経科学研究で広く使われてきている霊長類である。空間標準化やボクセルに基づく定量化技術に重要であるニホンザルのMRI標準脳を世界で初めて作製した。

<問い合わせ先>

象徴概念発達研究チーム (担当・入來 iriki(at)brain.riken.jp)

<URL>

http://brainatlas.brain.riken.jp/jm/modules/xoonips/listitem.php?index_id=9

BrainTx (旧名 CDT-DB)
BrainTx (旧名 CDT-DB)
<概要>

日本ノードプラットフォームのCDT-DBの名称がBrainTxに変わりました。脳神経系の様々な局面(脳の発達、機能、機能障害など)の遺伝的基盤となるトランスクリプトーム(全遺伝子発現=全転写)の公開されているビックデータや関連情報を可視化したり解析したりするための統合的なプラットフォームとして更なる活動を続けます。本プラットフォームのBSI-NIファンドとしての支援は2011年に終了しました。東京理科大学で古市PF委員長のもと、日本ノードPFとして引き続き運営されています。

* INCF Japan Node Platform

<問い合わせ先>

東京理科大学 (担当・古市 tfuruichi(at)rs.tus.ac.jp)

<URL>

http://www.cdtdb.neuroinf.jp/

Neurotycho
Neurotycho
<概要>

Project Tycho is named after Tycho Brahe. The project aims to share reliable massive neural and behavioral data for understanding brain mechanism. The dataset was recorded and distributed by Laboratory for Adaptive Intelligence, BSI, RIKEN. It is not only for neuroscientists but for everyone who is interested in learning neural mechanism.

<問い合わせ先>

適応知性研究チーム (担当・藤井 contact(at)neurotycho.org)

<URL>

http://neurotycho.org/

CelLoc-3D
CelLoc-3D
<概要>

CelLoc-3Dはマウス大脳皮質一次視覚野2/3層の神経細胞に関する空間分布のデータベースです。グルタミン酸作動性の興奮性細胞、GABA(γアミノ酪酸)作動性の抑制性細胞とアストロサイトの三種類の細胞について、その空間分布をin vivo 2光子励起イメージング法によって取得、データベース化しています。データベースのダウンロードはGUIベースのWebインターフェイスから行います。マウスの日齢、イメージング領域の大きさや、その中に含まれる細胞数などのパラメータを設定し、目的とするデータセットを容易に取得する事ができます。

<問い合わせ先>

大脳皮質回路可塑性研究チーム (担当・蝦名、津本 teppei-ebina(at)brain.riken.jp, tsumoto(at)brain.riken.jp)

<URL>

http://celloc3d.brain.riken.jp/

Mathematical Neuroscience
Mathematical Neuroscience
<概要>

数理脳科学は、脳が長い進化の歴史の中で見出した脳型情報処理の基本原理を、簡単なモデルを用いて数理の力で見つけようとする。このプロジェクトは、数理脳科学の確立に向けた努力を文献を中心にまとめた歴史的な資料である。

<問い合わせ先>

(担当・ )

<URL>

https://bsi-ni.brain.riken.jp/modules/page/index.php?content_id=9

The Autism CNV database
The Autism CNV database
<概要>

自閉症スペクトラム障害(Autism spectrum disorder, ASD)とは、社会性障害やコミュニケーション障害を特徴とする小児の神経発達障害である。近年の研究により、1Kbから数Mbに及ぶDNA上の一部の領域の重複や欠損からなるコピー数多型 (copy number variation, CNV)がASDの重大な要因であることが明らかになった。CNVのデータは不均一かつ複雑であり、CNVがASDを引き起こすメカニズム及び同一のCNVが異なる表現型を生む理由を解明することは容易ではない。我々は文献及び日本人のASD患者の情報を手作業で精選し、これを元に高品質のASD-CNVデータベースを開発した。さらに、複雑なCNVデータを可視化し、動物試験にも応用可能なマウスとヒトのCNV相同性マップを作成した。このデータベースがASDの遺伝的複雑性の解明のために有用なリソースとなり、ひいてはASDの診断、治療に利用されることを期待している。

<問い合わせ先>

精神生物学研究チーム (担当・Hiroaki Mutsumine hiroaki.mutsumine(at)riken.jp)

ツール

Multichannel EEG data for Brain Machine Interface (BMI) and/or Human Emotions (HE)
Multichannel EEG data for Brain Machine Interface (BMI) and/or Human Emotions (HE)
<概要>

本研究の目的は、脳磁界データの多次元解析、特にマルチチャンネル脳波計を用いた解析のためのソフト(アルゴリズム)を開発することにある。昨今、多次元配列(テンソル)のファクトリゼーション及び分解法が新たなツールとして、生物情報科学、ブレイン・コンピュータ・インタフェイス(BCI)、テキストマイニング、画像理解、並びに画像分類といった広範な分野で応用されている。本研究では、BCI並びにヒトの感情分類に用いる実験用EEG生データを提供する。実験用脳データは、新規脳データを記録・解析する過程で、体系的に更新している。

EMOTIONS CLASSIFICATION USING EEG DATA  <NEW>

<問い合わせ先>

脳信号処理研究チーム (担当・Cichocki a.cichocki(at)riken.jp)

<URL>

https://bsi-ni.brain.riken.jp/modules/page/index.php?content_id=6

EToS (Efficient Technology of Spike-Sorting)
EToS (Efficient Technology of Spike-Sorting)
<概要>

電気生理の実験手法の一つである細胞外記録では、 複数の神経細胞の活動電位を含む電位変化信号が得られます。 細胞外記録のデータから活動電位を検出し、同じ神経細胞 由来の活動電位をグループ化する手法はスパイクソーティングと呼ばれ、 神経細胞集団の活動を解析するための重要なステップとなっています。 EToS は、最新の信号処理と機械学習の手法を駆使したアルゴリズムを実装した 高性能のスパイクソーティングシステムであり、 従来の手法より多くの神経細胞を正確にソーティングすることができます。 EToS のプログラムは OpenMP により並列化され、 マルチコアプロセッサのコンピュータ上で高速に動作します。

<問い合わせ先>

脳回路機能理論研究チーム (担当・竹川 takekawa(at)users.sourceforge.net)

<URL>

http://etos.sourceforge.net/

MGL - matlab package for displaying visual psychophysics stimuli
MGL - matlab package for displaying visual psychophysics stimuli
<概要>

Mgl is a suite of mex/m files for displaying visual psychophysics stimuli and writing experimental programs in Matlab. Runs on Mac OS X (G4/5 and Intel 32 and Intel 64 bit OS Versions 10.5-10.7) Version 2.0. An older version 1.5 runs on Linux.

<問い合わせ先>

Gardner研究ユニット (担当・Gardner jlg(at)stanford.edu)

<URL>

http://gru.stanford.edu/doku.php/mgl/overview

mrTools - matlab package for analyzing fMRI data
mrTools - matlab package for analyzing fMRI data
<概要>

mrTools provides a set of Matlab tools to analyze fMRI data. It can do basic analyses like correlation analyses used in retinotopy experiments, event-related and GLM analyses. It can display the results of analyses on inplane anatomies, flat maps and surfaces. It is designed to make it easy to write your own script and programs in Matlab to analyze your data.

<問い合わせ先>

Gardner研究ユニット (担当・Gardner jlg(at)stanford.edu)

<URL>

http://gru.stanford.edu/doku.php/mrTools/overview

Two-Color Bioarray Analysis
Two-Color Bioarray Analysis
<概要>

本ツールは東レ株式会社製マイクロアレイ”3D-Gene”の発現アレイを解析するために、RRCが開発したソフトウェアです。2サンプル間の発現差をスキャッタープロットで示したり、差のある遺伝子を抽出する事ができます。

<問い合わせ先>

RRC/BMA (担当・Bioarray Staff RRC-Bioarray(at)brain.riken.jp)